佛光山在醫療工作，本著佛陀慈悲濟世的本懷，於1964年11月壽山寺落成之際，星雲大師即組成醫療團義診，繼而創設佛光診所，讓貧困患者接受完善醫療照顧。然佛光診所雖然無緣大慈地服務病苦者，但是對於偏遠地區的貧困同胞，卻因交通不便而無法照顧，鑒於佛光診所服務對象的有限性，因此大師籌畫成立義診團隊，籲請「健康的人出錢，為貧困的人醫治。」以巡迴方式至偏遠地區，解除無助病患的痛苦。

　　1983年借用普門幼稚園校車，在大樹附近的村落，先行試辦巡迴施診，反應頗佳。1984年觀音成道日佛光山義診團隊正式成立，將義診服務深入偏遠地區；以「佛光甘露造福人群」為主要宗旨。

　　1987年適逢佛光山開山20周年，大師進一步指示擴大組織編制與服務範圍，更名為「雲水義診」。取「竹密不妨流水過，山高豈礙白雲飛」之意，希望義診團隊以佛光山各別分院為據點，由弘法義診車載著「愛心」，如行雲流水般穿梭，深入各地區、各角落為醫療匱乏的弱勢團體提供最佳服務，並有法師同行，為患者做心理及精神上的輔導與開示。

　　「雲水義診」由初創期的一部車，發展到目前的九部車；義診網也由初期僅及大樹鄉四個村，擴及高雄、屏東、台東等偏遠山區，而今以各地別分院為據點，在台北、台中、嘉義、台南、宜蘭…等成立了義診團分隊；弘法義診隊還到過蘭嶼、綠島、金門、馬祖，更遠至泰北難胞區診治。義診觸角不斷延伸，以慈悲出世的精神從事入世工作。

　　二十幾年來，「雲水義診」的義診團隊穿過鄉野，服務了不計其數的民眾。為使服務能專人專項，國際佛光會中華總會也共同參與，於1993年成立雲水分會，專責辦理雲水義診的工作，將服務的種子，一點一滴於佛光山全球別分院推展開來，結合當地的醫療資源，造福更多民眾。

　　1999年「九二一大地震」、2008年「四川大地震」、2009年「八八水災」等，造成重大傷亡，災民家園損毀，佛光人除了募集物資前往災區賑濟、慰問、助念，雲水義診團隊也立即投入救援、醫療行列，主動輔導探視，以同理心陪伴、關懷、了解、照顧災民，長期進駐災區，協助災民重建家園和醫療健康保健。